Fils du violoncelliste Roland Pidoux, Raphaël Pidoux naît en 1967 près de Paris et apprend le violoncelle avec son père. Il entre au Conservatoire national supérieur de musique de Paris à 17 ans et y obtient un premier prix en 1987, auquel fait suite un troisième cycle dans la classe de Philippe Muller. Il est admis en cycle de perfectionnement de musique de chambre dans la classe de Jean-Claude Pennetier, ainsi que dans la classe de violoncelle baroque de Christophe Coin. Il participe également aux classes de maître d’André Navarra et de Paul Tortellier puis, en 1989, travaille sous la direction de Janos Starker à l’université de Bloomington (États-Unis).
Membre fondateur du Trio Wanderer, Raphaël Pidoux collectionne les distinctions : troisième prix du Concours international Bach de Leipzig, premier prix du Concours international de Munich avec les Wanderer. Il était juré du dernier concours ARD de Münich consacré au trio avec piano.